2022年　中国高校优秀科技期刊（中国高校科技期刊研究会）
2021年　华东地区优秀期刊（华东地区优秀期刊评审委员会）
2020年　中国高校优秀科技期刊（中国高校科技期刊研究会）
2019年　中国高校科技期刊优秀团队（中国高校科技期刊研究会）
2019年　安徽省优秀期刊（安徽省期刊协会）
2018年　中国高校优秀科技期刊（中国高校科技期刊研究会）
2018年　安徽省优秀高校学报（中共安徽省委教育工作委员会）
2017年　中国高校科技期刊优秀团队（中国高校科技期刊研究会）
2016年　首届安徽省科技期刊编校质量奖（安徽省科技期刊编辑学会）
2016年　中国高校优秀科技期刊（中国高校科技期刊研究会）
2013年　第二届中国高校科技期刊优秀网站（中国高校科技期刊研究会）
2013年　安徽省高校优秀学报（安徽省教育厅　安徽省新闻出版局）
2012年　第四届中国高校优秀科技期刊（教育部科学技术司）
2012年　华东地区优秀期刊（华东地区优秀期刊评审委员会　安徽省新闻出版局）
2011年　中国高校科技期刊优秀团队（教育部科学技术司）
2009年　全国高校科技期刊优秀编辑质量奖（中国高等学校自然科学学报研究会）
2009年　安徽省高等学校优秀学报二等奖（安徽省教育厅　安徽省新闻出版局）
2008年　第二届中国高校优秀科技期刊（教育部科学技术司）
2005年　安徽省优秀科技期刊二等奖（安徽省科技厅）
2004年　中国高等学校自然科学学报二等奖（教育部科学技术司）
2004年　安徽省高等学校自然科学学报二等奖（安徽省教育厅　安徽省新闻出版局）
2002年　安徽省优秀科技期刊三等奖（安徽省科技厅）
1999年　全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期刊三等奖
　　　　（中华人民共和国教育部）
1999年　安徽省高等学校优秀学报一等奖（安徽省教育委员会）
1998年　安徽省优秀科技期刊二等奖（安徽省科学技术委员会）
1995年　全国高等学校优秀自然科学学报三等奖（国家教育委员会科学技术司）
1995年　安徽省优秀科技期刊三等奖（安徽省科委）
1995年　安徽省高等院校优秀自然科学学报二等奖（安徽省教育委员会）
1990年　全国高等医药学院校优秀学报二等奖（卫生部政策法规司）
1989年　安徽省高等学校自然科学学报三等奖（安徽省自然科学学术期刊编辑协会）
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